O primeiro organismo a tratar dos assuntos da agricultura em Sergipe surgiu em 30 de novembro de 1915. Naquela data foi criada a Diretoria de Obras, Agricultura, Indústria e Viação por meio do Decreto nº 608.
Em 1º de dezembro de 1936, com a promulgação da Lei nº 46, foi criada a Secretaria de Agricultura, Indústria, Viação e Obras Públicas, extinta por sua vez em 1938, por força de Decreto-lei. Com a extinção da Secretaria de Viação e Obras Públicas, sua Diretoria da Agricultura ficou subordinada à Secretaria de Justiça e Negócios do Interior.
Em 14 de maio de 1940 a Diretoria da Agricultura foi transformada em Departamento da Agricultura e, em 15 de março de 1944, em Departamento de Produção. Em 20 de maio de 1947 foi criada a Secretaria da Fazenda, Produção e Obras Públicas, à qual ficou subordinado o Departamento de Produção.
Em 1961 foi extinto o Departamento de Produção e criada a Secretaria da Agricultura e Produção. Em 1969, por força do Decreto-Lei nº 251, de 30 de dezembro, a Secretaria foi extinta e criada em seu lugar a Superintendência da Agricultura e Produção, sob a forma de autarquia vinculada ao Governador do Estado. Em 1979, por meio da Lei nº 2.203, de 14 de março, foi recriada a Secretaria da Agricultura, passando a SUDAP a ser vinculada à Secretaria.
Em 1989 a Secretaria da Agricultura foi transformada em Secretaria da Agricultura, do Abastecimento e da Irrigação, que contava com as vinculadas,SUDAP, dedicada ao fomento e promoção agropecuária; EMATER-SE, voltada para a assistência técnica e extensão rural; CCOMASE, prestadora de serviços de mecanização e revenda de insumos; FUNDASE, dedicada às ações fundiárias e à colonização e EMPEASE, com atribuições na pesquisa agropecuária.
A reforma administrativa de 1991 extinguiu a SUDAP, COMASE, EMPEASE, FUNDASE e CEASE e levou à transformação da EMATER-SE em Empresa de Desenvolvimento Agropecuário de Sergipe (EMDAGRO). A EMDAGRO absorveu as atividades de pesquisa agropecuária, sanidade animal e vegetal, fomento e regularização fundiária dos órgãos extintos, que passaram a ser somadas às ações de assistência técnica e extensão rural.
Na COHIDRO (Companhia de Desenvolvimento de Recursos Hídricos e Irrigação) produziram-se mudanças internas, em razão da absorção das atividades de abastecimento de água em áreas rurais e mecanização agrícola.
Em 1993 a Secretaria da Agricultura, do Abastecimento e da Irrigação perdeu parte de suas competências, em razão da criação da Secretaria de Irrigação e Ação Fundiária e também neste ano transferiu-se da EMDAGRO para a COHIDRO as ações fundiárias e de colonização. Posteriormente, em 1995 foi extinta a Secretaria de Irrigação e Ação Fundiária, retornando a Secretaria da Agricultura à sua conformação anterior e reincorporando a COHIDRO como entidade vinculada.
Em 2008 , com as Leis nºs 6.332 e 6.333, o Departamento Estadual de Recursos Hídricos e Irrigação de Sergipe – DEHIDRO/SE e o Departamento de Desenvolvimento Agropecuário de Sergipe – DEAGRO/SE, são extintos, revogadas as Leis nºs 5.415 e 5.416 de 26 de agosto de 2004, voltando aquelas instituições à condição de empresas.
A Lei 7.116 de 25 de março de 2011, que dispõe sobre a nova estrutura organizacional básica da Administração Pública Estadual, em seu Capítulo VI, Art. 48, transforma a Secretaria da Agricultura e do Desenvolvimento Agrário – SEAGRI, em Secretaria de Estado da Agricultura e do Desenvolvimento Rural – SEAGRI, incluindo ainda em seu artigo 50 , a vinculação a esta Secretaria, da Empresa de Desenvolvimento Sustentável do Estado de Sergipe – PRONESE, antes vinculada à Secretaria de Estado do Planejamento, Habitação e do Desenvolvimento Urbano – SEPLAN.
Assim, a estrutura pública, administrativa e de planejamento do Setor Primário do Estado encontra-se definida da seguinte forma:
Organismo central de coordenação setorial:
Secretaria de Estado da Agricultura, Desenvolvimento Agrário e da Pesca – SEAGRI
Empresas vinculadas de execução das políticas agrícolas:
Empresa de Desenvolvimento Agropecuário de Sergipe – EMDAGRO/SE
Companhia de Desenvolvimento Regional de Sergipe – CODERSE
Empresa de Desenvolvimento Sustentável do Estado de Sergipe – PRONESE
